经2009年3月11日院务会讨论通过，对沪济字（2007）第21号文《关于各类科研经费、整改专项经费使用暂行规定》修订如下：
一、市教委、财政等上级部门纵向科研经费
1.学院不收取管理费。
2.经费使用范围：（1）主要是低值易耗品、零星办公用品、市内差旅费、市内会务费、通讯费（限项目负责人）、印刷费、邮费。（2）论文发表、教材编写等有关经费。
3.购设备须到设备处办理好申购、借用手续。购参考书及资料须到各系秘书处登记。
4.必要劳务费及适量小额必须招待费；劳务费与业务招待费原则上分别控制在8%与3%之内。
5.学院按1：1配套科研经费。由学院教学管理部门与各系（部）各50%管理科研经费，使用范围同上。
6.教学高地建设、精品课程等项目学院均按1：1配套经费。
二、企业等社会横向科研经费
1.学院收取管理费20%。
2.经费使用范围同上。
3.劳务费和业务招待费分别控制在15%和5%之内。
三、学院自筹教研经费
1.学院不收取管理费。
2.经费报销范围同上。
3.劳务费和业务招待费控制在15%和5%之内。
四、整改专项经费（自筹）
1.学院不收取管理费。
2.重点（试点）专业。
经费使用原则上相关系与项目负责人各50%。
分三个阶段拨付经费，启动阶段30%，中期测评阶段40%，项目收尾阶段30%。
报销范围同学院自筹教研经费。
劳务费及业务招待费控制在15%和5%之内。
3.其他整改专项费用：原则上经费拨付、报销范围，劳务费和招待费标准同重点专业。
说明：
1.要求劳务费报销控制在800元/次/人以下。
2.审批权限：拨付给各系，由系主任审批。拨付给各专业，由项目负责人审批。
以上各条款作为经费运作试点，在运行中不断完善。